Il 6 marzo 2013 dagli amministratori delegati di FS Italiane, Trenitalia e RFI, nella qualità di Soci Fondatori, sono stati sottoscritti l'Atto costitutivo e lo Statuto della Fondazione. Da dicembre 2015 il Ministero Beni e delle Attività Culturali e del Turismo è “aderente istituzionale” alla Fondazione FS. Il Consiglio di Amministrazione è composto dal Prof. Mons. Liberio Andreatta già Amministratore Delegato dell’Opera Romana Pellegrinaggi, dal Dott. Marco Fossataro Chief Financial Officer di Ferrovie dello Stato Italiane, dall’Ing. Marco Caposciutti Direttore Tecnico di Trenitalia e dall’Ing. Luca Cavacchioli Direttore Operativo Infrastrutture di Rete Ferroviaria Italiana.
La Presidenza è affidata al Prof. Andreatta Mons. Liberio.